(1) Politeknik Pelayaran Surabaya merupakan perguruan tinggi negeri di lingkungan Kementerian Perhubungan yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Badan Pengembangan Sumber Daya Manusia Perhubungan.
(2) Menteri yang menyelenggarakan urusan pemerintahan di bidang pendidikan, kebudayaan, riset, dan teknologi
melakukan pembinaan secara akademik terhadap Politeknik Pelayaran Surabaya.
(3) Menteri yang menyelenggarakan urusan pemerintahan di bidang transportasi melakukan pembinaan administratif dan operasional terhadap Politeknik Pelayaran Surabaya.
(4) Politeknik Pelayaran Surabaya sebagaimana dimaksud pada ayat (1) dipimpin oleh Direktur Politeknik Pelayaran Surabaya.
