(1) Politeknik Penerbangan Jayapura merupakan perguruan tinggi negeri di lingkungan Kementerian Perhubungan yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Badan Pengembangan Sumber Daya Manusia Perhubungan.
(2) Menteri yang menyelenggarakan urusan pemerintahan di bidang pendidikan, kebudayaan, riset, dan teknologi
melakukan pembinaan secara akademik terhadap Politeknik Penerbangan Jayapura.
(3) Menteri yang menyelenggarakan urusan pemerintahan di bidang transportasi melakukan pembinaan administratif dan operasional terhadap Politeknik Penerbangan Jayapura.
(4) Politeknik Penerbangan Jayapura sebagaimana dimaksud pada ayat (1) dipimpin oleh Direktur Politeknik Penerbangan Jayapura.
