Dalam Peraturan Menteri ini yang dimaksud dengan:
1. Rehabilitasi Wilayah Pesisir dan Pulau-pulau Kecil yang selanjutnya disebut Rehabilitasi adalah proses pemulihan dan perbaikan kondisi ekosistem atau populasi yang telah rusak walaupun hasilnya dapat berbeda dari kondisi semula.
2. Wilayah Pesisir adalah daerah peralihan antara ekosistem darat dan laut yang dipengaruhi oleh perubahan di darat dan laut.
3. Ekosistem adalah kesatuan komunitas tumbuh- tumbuhan, hewan, organisme dan nonoganisme lain serta proses yang menghubungkannya dalam membentuk keseimbangan, stabilitas, dan produktivitas.
4. Terumbu Karang adalah suatu ekosistem yang hidup di dasar perairan dan berupa bentukan batuan kapur terdiri atas polip-polip karang dan organisme-organisme kecil lain yang hidup dalam koloni.
5. Mangrove adalah vegetasi pantai yang memiliki morfologi khas dengan sistem perakaran yang mampu beradaptasi pada daerah pasang surut dengan substrat lumpur atau lumpur berpasir.
6. Lamun adalah tumbuhan berbunga (Angiospermae) yang hidup dan tumbuh di laut dangkal, mempunyai akar, rimpang (rhizome), daun, bunga dan buah dan berkembang biak secara generatif (penyerbukan bunga) dan vegetatif (pertumbuhan tunas).
7. Estuari adalah suatu perairan semi tertutup yang berada di bagian hilir sungai dan masih berhubungan dengan laut, sehingga memungkinkan terjadinya percampuran antara air tawar dan air laut.
8. Laguna adalah suatu cekungan di dasar perairan laut dangkal yang membentuk sistem ekologi yang berbeda dengan perairan di sekitarnya.
9. Teluk adalah ekosistem pesisir dengan lekukan yang penetrasinya berbanding sedemikan rupa dengan lebar mulutnya sehingga mengandung perairan semi tertutup seluas atau lebih luas dari pada luas setengah lingkaran.
10. Delta adalah daratan yang terbentuk akibat proses pengendapan di muara sungai yang membentuk formasi delta (segitiga) dan membentuk kesatuan ekosistem tersendiri.
11. Gumuk Pasir adalah ekosistem berupa bukit/gundukan pasir yang terbentuk akibat interaksi material penyusun dan aktivitas angin.
12. Pantai adalah daerah antara muka air surut terendah dengan muka air pasang tertinggi.
13. Populasi Ikan adalah kelompok jenis ikan tertentu yang secara alami dan dalam jangka panjang memiliki kecenderungan untuk mencapai keseimbangan secara dinamis sesuai dengan kondisi habitat beserta lingkungannya.
14. Kawasan Konservasi adalah bagian wilayah pesisir dan pulau-pulau kecil yang mempunyai ciri khas tertentu sebagai satu kesatuan ekosistem yang dilindungi, dilestarikan dan/atau dimanfaatkan secara berkelanjutan untuk mewujudkan pengelolaan wilayah pesisir dan pulau-pulau kecil secara berkelanjutan.
15. Perlindungan Jenis Ikan adalah upaya untuk menjaga dan menjamin keberadaan, ketersediaan, dan kesinambungan jenis ikan dengan tetap memelihara dan meningkatkan kualitas nilai dan keanekaragaman sumber daya ikan dan lingkungannya secara berkelanjutan.
16. Pengayaan Sumber Daya Hayati adalah upaya meningkatkan jumlah, jenis, dan/atau kualitas sumber daya hayati yang telah mengalami penurunan populasi.
17. Menteri adalah menteri yang menyelenggarakan urusan pemerintahan di bidang kelautan dan perikanan.
18. Pemerintah Daerah adalah gubernur, bupati/wali kota, dan perangkat daerah sebagai unsur penyelenggara pemerintahan daerah.
19. Direktur Jenderal adalah direktur jenderal yang melaksanakan urusan teknis di bidang pengelolaan ruang laut.
20. Dinas adalah unsur pelaksana yang menyelenggarakan urusan bidang kelautan dan perikanan.
