Susunan organisasi eselon I Kementerian Agama terdiri atas:
- Sekretariat Jenderal;
- Direktorat Jenderal Pendidikan Islam;
- Direktorat Jenderal Penyelenggaraan Haji dan Umrah;
- Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Islam;
- Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen;
- Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Katolik;
- Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Hindu;
- Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Buddha;
- Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Khonghucu;
- Inspektorat Jenderal;
- Badan Penelitian dan Pengembangan serta Pendidikan
danPelatihan;
- Staf Ahli Bidang Kehidupan Beragama;
- Staf Ahli Bidang Kerukunan Umat Beragama;
- Staf Ahli Bidang Lembaga Sosial Keagamaan;
- Staf Ahli Bidang Pendidikan; dan
- Staf Ahli Bidang Hukum dan Hak Asasi Manusia.
1. Di antara Pasal 491 dan Pasal 492 disisipkan 2 (dua) pasal, yakni
### Pasal 491A dan Pasal 491B sehingga berbunyi sebagai berikut:
